Система автоматизации имеет иерархическую структуру. На нижнем уровне выполняется регулирование заданных параметров с минимальными энергозатратами и отработка выбранной логики работы. На верхнем уровне выполняется взаимодействие с автоматикой иного оборудования и уровнем диспетчеризации и дистанционного управления, согласно требованиям норм и правил.
При большой сложности система автоматизации имеет распределённую сетевую структуру и отдельные задачи выполняют разные локальные подсистемы.